La désinfection des bâtiments est une étape importante dans le contrôle des maladies infectieuses susceptibles d’affecter les performances de l’élevage. Effectuée régulièrement, elle contribue à réduire la pression d’infection exercée sur les animaux par les bactéries, les virus, les moisissures et les parasites présents dans leur environnement. La désinfection est pleinement efficace dans le cadre d’une régie tout plein-tout vide des bâtiments. Il est important de comprendre que la désinfection ne se résume pas à la simple application d’un désinfectant; elle doit toujours être associée à un nettoyage approfondi.

Pour qu'une désinfection soit efficace, elle doit être menée de la façon suivante :
1/ La préparation du bâtiment
Il s’agit d’une étape préliminaire au cours de laquelle sortir le matériel mobile, éliminer les accumulations importantes de fumier, évacuer le plus possible de lisier accumulé, nettoyer les circuits d’aération, protéger les prises électriques, etc.
2/ Le lavage du bâtiment
Il s’agit sans aucun doute de l’étape la plus importante. Le lavage doit permettre d’éliminer le maximum des matières organiques accumulées (fumier, aliments) pendant l’élevage. Les matières organiques sont le principal réservoir d’agents infectieux ; elles constituent une barrière physique à l' ’action des désinfectants et inactivent la plupart d’entre eux. Un bon lavage permet d’éliminer un pourcentage important des germes présents. Il permet aussi d’éliminer les agents qui ne sont pas détruits par les désinfectants usuels (oeufs d’Ascaris, etc.). Le lavage doit débuter par l’application d’un agent détergent qui favorise la pénétration de l’eau à l’intérieur des matières organiques (pouvoir mouillant) et l’émulsion des graisses incrustées dans les pores des matériaux (pouvoir dégraissant). Le détergent peut être appliqué en pulvérisation avec une laveuse à pression réglée à basse pression. Le meilleur mode d’application demeure toutefois le canon à mousse adapté au jet de la laveuse. L’utilisation de mousse permet de bien visualiser les surfaces traitées, améliore le contact du détergent avec les surfaces et diminue les pertes par ruissellement
Finalement, le rinçage permet d’éliminer les résidus de détergent qui pourraient nuire à l’action de certains désinfectants. Le meilleur rinçage est obtenu avec un jet plat. Une fois lavées et bien rincées, les surfaces doivent paraître parfaitement propres.
3/ La désinfection
La désinfection vise à détruire les germes qui n’ont pas été éliminés par le lavage. Il existe plusieurs familles de désinfectants. On choisit le désinfectant en fonction de différents critères : spectre d’action, efficacité en présence de matières organiques ou en eau dure, degré de toxicité, absence ou présence d’effet corrosif, prix, etc.
Le mode d’application varie selon le type de désinfectant. La plupart des désinfectants sont appliqués par pulvérisation à basse pression. Il faut traiter toutes les surfaces en commençant par le plafond et les murs, pour terminer par le plancher. Il est important d’utiliser le désinfectant choisi en respectant les recommandations du fabricant (concentration, etc.). Le réglage de l’appareil est un élément critique pour obtenir une concentration adéquate de désinfectant.